一、法律方面的问题
《注册会计师法》将会计师事务所定位为“从事注册会计师业务的机构”，并直接规定了机构的组织形式：可以是合伙组织，也可以是负有限责任的法人组织。这里有个关键问题，即会计师事务所的合伙组织或负有限责任的法人组织，是《注册会计师法》直接“法定”了的呢?还是需要经工商行政管理机关登记后才取得呢?通过对《注册会计师法》分析和比照《民法通则》的有关规定，我们认为，会计师事务所的组织形式是《注册会计师法》直接“法定”的，只要省以上人民政府财政部门依照《注册会计师法》的规定批准设立的合伙会计师事务所或有限责任会计师事务所，无须工商登记就具有合伙组织或负有限法人组织的合法主体地位。如《注册会计师法》第二十四条就是这样规定的：“会计师事务所符合下列条件的，可以是负有限责任的法人”，而不是规定“依法取得法人资格”。这样的规定符合《民法通则》关于“法人资格”取得的有关规定，由此，可以认为《注册会计师法》对会计师事务所的定位，是按照非企业并无须工商登记设计的，但现在实际操作当中按照企业来定位并用《公司法》来规范，由此给会计师事务所的运作带来了一系列的问题：
1.事务所有两套章程。一套是按照财政部会计师事务所审批办法的规定制定并经审批机关批准的章程，另一套是在上述章程的基础上，按照《公司法》的规定和工商登记机关的要求修改，经工商登记机关核准并在其备案的章程。两套章程在很多方面的规定不一致，以致事务所内部有了问题不能及时按照章程的规定予以解决，导致内部矛盾越积越多。
2.事务所有两套组织架构。财政部《有限责任会计师事务所审批办法》第八条规定，事务所实行主任会计师负责制，主任会计师为事务所的法定代表人。《公司法》规定，公司要建立“股东会”、“董事会”、“监事会”，董事长为公司的法定代表人。一个事务所如果主任会计师与董事长不是一人担任，究竟由谁主持工作，谁担任法定代表人，谁对事务所负责?
3.事务所税后利润分配有两种不同的规定。财政部制定的《会计师事务所财务管理若干问题的暂行规定》规定，有限责任事务所税后利润弥补以前年度亏损后，先提取50%作为事业发展基金，剩余部分作为事务所的公益金和应付投资者的利润；《公司法》规定，有限责任公司弥补亏损和提取10%的法定公积金及5%——10%的法定公益金后，剩余利润按股东的比例分配。有限责任事务所应执行哪个规定?
4.《公司法》和工商登记机关有关股东转让股份的规定不适合注册会计师行业。《公司法》规定：股东之间可以相互转让出资；股份可以继承；工商登记机关规定股东转让其出资必须由本人或继承人签字同意，才能办理变更登记等。这些规定与注册会计师行业的实际情况相差太大，给事务所的正常运作带来了很大的困难。目前我省一些事务所遇到了以下几种情况：
(1)股东离开事务所时不仅不办理转让股份的手续，而且到了年终还向事务所要红利，若事务所不给，就向法院起诉事务所侵权。而法院不管员工有没有离开事务所，只要没有履行股份转让的合法手续，就认为该员工就具有股东资格，按照同股同利的原则，就应该得到股利。
(2)股东之间私下签订股份转让协议和签署授权书，而且往往是溢价转让，溢价比例最高的达到了1∶5。这种情况在《公司法》中是允许的，但注册会计师行业允不允许?
(3)员工违法乱纪，事务所有权开除或者辞退。但如果被开除或辞退的员工是股东，其本人拒不在股份转让协议上签字，其股份就无法转让，股东资格也无法取消。
(4)股东(合伙人)被判刑或被劳动教养，他们的股份变更也要由其本人签署同意方能办理。
以上问题有关事务所多次与工商登记机关协调不成，工商登记机关认为这些行为并没有违反《公司法》，《公司法》并没有规定坐牢的人不能当股东，股东转让股份只要不违反《公司法》的规定是允许的，要办理变更登记必须符合《公司法》的规定，必须经本人或继承人签字同意。
5.合伙会计师事务所的实际税负比有限责任会计师事务所重。在形式上看合伙所免缴企业所得税减轻了税负，而实际上合伙所由于不能享受新设企业减免1至2年企业所得税的待遇，又不能执行定率征收的规定。事务所实际支付给员工的工资超过计税工资部份和提取的职业风险基金等，全部并入利润并以此计算征收合伙人的个人所得税。
二、行业管理规定方面的问题
1.财政部1994年制定《会计师事务所财务管理若干问题的暂行规定》时，会计师事务所部分属于全民所有制性质，而现在均由注册会计师等自然人出资设立，事务所的财产所有权性质发生了彻底变化。在这种情况下，该暂行规定已经明显不合理或不切合实际，如税后利润分配规定等。
2.会计师事务所对外投资问题，即会计师事务所可不可以对税务师事务所、评估事务所、工程造价事务所等中介机构投资?会计师事务所与其它经济鉴证类中介机构联合，联合的各方可否继续保留各自的法人资格?注册会计师可否同时在该联合各机构出资?
3.会计师事务所提取职业风险基金、办理职业责任保险问题。
(1)会计师事务所按业务收入10%提取的职业风险基金，要缴纳33%的企业所得税。缴纳的部分所得税是冲减已提取的职业风险基金，还是利润?如冲减已提取的职业风险基金，职业风险基金的实际提取率只有6.7%，如用利润缴纳，那么职业风险基金占业务收入的比例高达13.3%。
(2)事务所累计提取职业风险基金金额有没有最高限额?办理了职业责任保险，可不可以不再提取职业风险基金?
(3)会计师事务所法律主体消灭后，原已累计提取的职业风险基金所有权是谁的?对其如何处置和管理?超过法定追诉期后职业风险基金没有使用或有结余如何处置?
4.有关会计师事务所存续期间的管理规定滞后。会计师事务所、主任会计师、发起人、出资人等，只有设立时的条件，没有持续运行期间应具备的最低条件以及达不到最低条件的退出机制。如主任会计师、出资人的最大年龄是多少?发起人数量是一个时点数，还是事务所存续时期必须继续保持的数量?
三、会计师事务所内部管理制度方面的问题
会计师事务所内部管理制度建设可以说是百废待兴，尤其是对有限责任事务所章程和合伙事务所合伙人协议的修改完善更显重要和迫切。
1.事条所的章程是事务所内部管理制度的核心。目前除前面提到因法律方面的原因存在两套章程的问题以外，因改制时没有适合注册会计师行业特点的、可供事务所参考借鉴的章程范本，多数事务所章程普遍存在内容不完整，“三会”(股东会、董事会、监事会)权职不清，股东加入、退出及其股份转让程序不明等等问题。一旦发生这方面的矛盾，解决起来无据可依，给事务所的日常管理和运作带来了很大的困难。归纳起来主要有以下的一些问题：
(1)章程没有明确规定或划分股东会(权力机构)、董事会(决策机构)、监事会(监督机构)各自的职权及行使职权的程序和方式。
(2)主任会计师、董事长、总经理职务由同一人担任，还是分别由三人担任?如果分别由三人担任，那么谁是主要负责人，谁担任法定代表人以及他们之间的职责如何划分。
(3)根据《公司法》的规定，代表1/4以上表决权的股东或1/3以上的董事、监事可以提议召开临时股东会；或者1/3以上的董事可以提议召开董事会。但是，有些事务所的董事长预料召开该会议对己不利的话，就拒绝召开临时股东会或董事会。由于《公司法》和事务所章程又没有具体规定，一旦发生这类问题往往出现僵局，造成事务所几近瘫痪局面。
(4)由于章程对股东应具备的条件、股东丧失资格的情形以及股东加入、退出的程序、转让出资的价格等规定过于原则化，在发生了员工一旦注册就要求出资成为股东，原有股东因超过职龄等原因不愿转让股份，股东私下转让出资，股东转让出资的价格要求按评估值计算等问题后无据可依。
(5)事务所发生变更事项没有及时修改章程，或者章程修改后没有送工商登记机关备案。由于没有按程序操作并使其产生法律效力，事后给事务所制造了很多麻烦。
2.合伙人协议是合伙人建立合伙关系，确定合伙人各自的权利义务并经全体合伙人签字确认的书面文件。目前合伙人协议也遇到以下问题：
(1)合伙人之间的利润分配和债务承担，理论上可以按照合伙人的出资比例或合伙协议约定的比例分配，但是实际上这对合伙人会造成不公平的后果。因为合伙人之间是承担无限连带责任的，如果某一合伙人在事务所的出资中占有较大比例而实际承担责任的能力较弱，一旦发生赔偿责任，很有可能占有出资比例较小且平时分得利润较少的合伙人多赔。
(2)按照法律规定，合伙人退伙后应连带承担其退伙前的债务及其风险责任。故而，合伙人退伙时以此为由要求分走相应比例的职业风险基金，他们担心留在事务所其权益无法得到保障，事务所也不敢承诺保证用于赔偿其退伙前的风险责任。
(3)新合伙人入伙后，连带承担了入伙之前的赔偿责任，其受到的损失应向谁追偿?
四、解决上述问题的建议或对策
1.鉴于《注册会计师法》直接法定了会计师事务所的组织形式及法律地位，且目前的工商登记管理给事务所的运作造成了很多方面的困难，为此，建议财政部痛下决心，依照现行《注册会计师法》的规定履行政府主管部门的职能，依法纠正会计师事务所设立、变更、注销需经工商登记才有法律效力的错误做法，以恢复会计师事务所的本来面目，实行与律师事务所同样的管理模式；同时抓紧修改《注册会计师法》，通过立法解决注册会计师行业改制以后出现的新问题。
2.针对注册会计师行业体制、机制已经发生根本变化的实际情况，建议中注协对现行行业管理制度进行一次清理，废止一些不适用的制度，如《会计师事务所财务管理若干问题的暂行规定》、《有限责任会计师事务所设立及审批暂行办法》等；修改一批不完善的制度，如《注册会计师注册审批暂行办法》、《注册会计师办理转所手续的暂行规定》、《注册会计师年检办法》等等；抓紧研究制定一系列新的规章、办法，如事务所年检办法及日常管理规定、事务所主任会计师、合伙人(出资人)条件及管理办法、有限责任事务所过渡办法、事务所职业风险基金提取、使用管理办法等等。
3.行业协会要帮助、引导事务所建立健全以章程(合伙事务所合伙人协议)为核心的一系列内部管理制度。我们在深入调研的基础上，根据改制后事业所出现的新情况，先后制定下发了《会计师事务所股东(合伙人)、主任会计师条件及变更、备案程序的规定》、《会计事务所有限责任公司章程》(示范文本)和《合伙会计师事务所合伙人协议》(示范文体)等示范性制度，并要求事务所参照这些示范性制度规定的内容和文本格式，结合本所的实际情况，抓紧修改完善以章程为核心的内部管理制度。
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